Hallitus voi tehdä ohjelmakauden aikana rahoituslinjauksia, joilla suljetaan pois esim. tiettyjä toimialoja tai hakijoita. Rahoituslinjauksilla voidaan myös päättää poikkeavasta tukiprosentista tai kohdistaa rahoitusta erityisesti jollekin tietylle toimialalle, hakijalle tai hanketyypille. Hallitus voi ohjelmakauden aikana päättää myös jonkin asian rahoittamisen lopettamisesta kokonaan.